至元三年(1266年),忽必烈遣兵部侍郎郎赫德、礼部侍郎殷弘出使日本。忽必烈在国书中,对这次遣使的目的讲的极其清楚,要日本效法高丽,举国来朝以通和好,如不相通好,将至“用兵”,令日本“王其图之”。被日本以书辞无理,不能接受,予以退回。此后几经出使,均被日本拒绝。
从至元十年(1273)起,忽必烈开始着手部署征日战争。至元十年四月,耽罗岛林衍起义,反对高丽王的统治,忽必烈乘机派元军驻高丽。之后,元军于耽罗岛设招讨司,驻扎镇边军一千七百人,从而控制了日本与南宋间的海上通道,由此可以使元军可以全力进攻日本。随后,忽必烈召忻都、金方庆等至元大都(今北京)商议征日事宜。至元十一年(1274)正月,忽必烈命令高丽王造舰九百艘,其中大舰可载千石或四千石者三百艘,由金方庆负责建造;拔都鲁轻疾舟(快速舰)三百艘,汲水小船三百艘,由洪茶丘负责建造,并规定于正月十五日动工,限期完成。
六月,九百艘军舰完工,上报世祖忽必烈,忽必烈遂命令由蒙、汉、高丽三族军队组成的联军,东征日本。联军的核心是蒙元部队计有蒙汉军二万人、高丽军五千六百人,加上高丽水手六千七百人,共三万二千三百人,由征东都元帅忻都、右副帅洪茶丘、左副帅刘复亨统帅,八月出发。
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当时的蒙古军队经过成吉思汗的训练,军纪森严,每十人、百人、千人、万人各为一个战斗队,每队设一长率领,组织极为严密,因此英勇善战,战斗力很强。此外,元朝当时的火器使用技术在世界上处于领先水平,曾经威镇欧洲,所以火炮作为此次征日作战的秘密武器,出现在元军的战斗序列中。
而日本武士部队的基础是守、介地头制(庄头制),是源赖朝建立幕府时期形成的兵制。任守、介地头职的武士,多为有功于历代将军或执权的家臣,即“御家人”。守,是掌握某一地方兵马大权的最高行政长官,但从其品秩看,也不过是从五位上到正六位下的中下级官员;地头,是管理公私土地进行征税的官吏,并对其管理的土地拥有警察权,其职位更低,隶属于守。他们按其管理的土地面积大小,蓄养私兵。某一守率队出征,其一族的家人、族人即成为该守部队的骨干随同出阵,守所辖的地头,亦率其家人、郎黨自成一队,归守指挥。这种主从关系构成的部队,组织巩固,不易溃散,散而可以重聚。家臣以死于君主马前为荣,因此战斗力颇强。但是,这种队伍又各自为战,指挥不统一,战斗时偏重于一骑对一骑的单打独斗方式,因此战斗几乎是混乱、无组织、无纪律的,不易于指挥,无战术可言,根本无法和元军相抗衡,整体战力相当弱。